Windows Server 2012 R2 の仮想マシンのディスク構成は1ドライブ 1ディスク構成にした方が使い勝手がよいかと思います。
1ディスク複数構成にした場合、管理性が低下します。
例えば、ディスク2にEドライブとFドライブが存在し、Eドライブの容量を拡張するとボリュームをまたがったボリューム拡張となってしまいます。
この場合、ディスクの種類が、ベーシックからダイナミックに変換されてしまいます。ダイナミックディスクをサポートしてない、Windowsの機能やアプリケーションもあるので、互換性の確認が必要になってきます。
以上。
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