Hyper-V Time Synchronization Service を無効にする

Hyper-vやAzure上の仮想マシンは仮想マシンのホスト(物理サーバー)と時刻同期しています。このときに使われているサービスが Hyper-V Time Synchronization Service です。したがって別のNTPサーバーと時刻同期したい場合には、このサービスのスタートアップの種類を無効にする必要があります。
※参考:「サービス一覧」の開き方

このサービスが起動していると、時刻同期先が思い通りになりません。ADに参加したサーバーの場合は時刻同期先が自動的にドメインコントローラーに設定されますが、以下の場合は実際にはそうなっていないことがわかります。これは、ドメインコントローラーとの時刻同期の頻度が、Azure基盤の物理サーバ―との時刻同期の頻度より圧倒的に低いことに起因します。

Azure基盤(ソースIP:86.77.84.80)と時刻同期していることがわかります。ソースもVM IC Time Synchronization Provider となっています。
※参考:Windows で時刻同期できていることをコマンドで確認する方法いろいろ

Hyper-V Time Synchronization Service を停止すると、ドメインコントローラー(IP: 10.0.1.4)と時刻同期するようになりました。 ソースはドメインコントローラのホスト名である TSADS001.test.local となっています。

以上。

(参考)
Azure 仮想マシンの時刻同期の仕組み

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